佛滅度後，漸分諸宗。阿底峽尊者入藏之前，西藏佛法正從朗達瑪禁佛後逐步恢復，尚無公認之標準。因至印度學法者既多，承傳亦多，學者不能融會貫通，或重密輕顯，或重顯輕密、或輕二乘、或廢自乘，致有大小顯密空有之諍，修者唯趣於神變奇異之事，且相互衝突妨礙，真為了生死而修行者，寥若晨星。阿底峽尊者入藏，著《菩提道炬論》，以皈依三寶發菩提心二門，整頓西藏佛法。以觀一切眾生皆父母故，教派之我執法執自化於無形，而佛教遂復歸於統一。臨寂時，弟子請傳法要，唯教以深信業果為無上法門。得尊者承傳者，唯在家弟子仲登吉，雖居白衣，一切依戒而作，非無矩度，然以居士擔荷聖教故，比丘日少，西藏佛法又復陷入危險。宗喀巴大師應運而興，既承阿底峽尊者之教法，又重比丘戒。顯教則有五部法相：《現證莊嚴論》、《中論》、《入中論》、《集量論》、《俱舍論》、《比丘戒》。密乘則有三部、五部、二十餘部《二次第》之修法。熔釋迦世尊一代時教、大小顯密於一爐，不惟不相衝突，而且適見其互助互成之妙，故有第二法王之稱。由宗大師傳至二十八代康薩仁波卿，又轉授於海公。故海公之教，即是從釋迦世尊以來一脈相承之教，法流極為清淨。所謂般若正見，即自釋迦世尊乃至歷代祖師輾轉達相承之修行正路、經驗要訣也。
師在康薩仁波卿座下，專精修學深廣般若，具得般若傳承正見。晚年於清涼橋講經時曰：「若問我等是何宗派，應曰大般若宗。學般若故，以般若為宗。」
廣般若方面，師始終以宗喀巴大師《菩提道次第》為唯一準繩，藏人讚歎《菩提道次第》為「完全次第」。完全者三乘兼修，顯密圓融；次第者配合巧妙，循序以進。於此可見額魯巴（格魯巴）傳統家風也。
入道方便，首重師承。得法流甘露，滋養慧身。以教言，聽師一夕談，勝讀十年書，以證言，經驗作導引，知道路曲直，得有形無形之攝持，不墮邪險，無迂回遲緩，穩速抵家。師嘗自述依止學法之經驗曰：「若不依善知識之教授，惟自鑽研書籍，讀誦極多，修戒仍不得下手方便，修定亦不別邪正。」因特譯出《事師五十頌》，先依十德擇師，而後嚴格按弟子法修學，必得殊勝利益。
漢地盛行大乘，多有自命不凡，對聲聞緣覺，斥為小乘；對人天十善，更不屑顧者。師依宗大師教導，認為三士修法不可偏廢。上士不離中下士所修法，否則基礎不穩；中下士亦應回小向大，發大乘心，修在乘行，否則如來斥為焦芽敗種。師又認為修行不易成就者，原因雖多，最重要者皆越中下士之行，而不肯修，雖名上士，實少資糧，故應從下士法修起，認定黑白業果，深細觀察，能長大智，為中上士打穩根底。中士者出離生死，趨向涅槃，若不修此，一切盡屬世間法矣。故必須重視聖教根本別解脫戒，決不能自命大乘，而忽視之。不知對治煩惱，而欲修行成就者，非空中樓閣而何？從來有成就之大德，無一不具中下士堅實基礎。上士者觀自苦求出防，觀他苦發菩提。願皆離苦，得涅槃樂，上士恒勤求，自苦他安樂，難行苦行，在所不辭。關鍵在於不輕聲聞緣乘，亦不廢自乘。出離心，菩提心，以及正知正見，道之三要得以建立也。
關於顯密問題，師曰：「顯是密之顯，密是顯之密，有則雙存，無則並遣。若不知顯，則不了密之性相，若不知密，則不悉顯之作用。」顯教乃密教之基礎，密教乃顯教之善巧方便。二者相互配合，相得益彰。密法若背離顯教之基礎，即無異於外道。故學人必須有堅實之顯教基礎，方堪學密。有謂學密者，可不必拘泥於別解脫戒，師則斷然不許。因密法講即身成就，速度愈快故，要求愈高，虧損律儀，直墮獄地。如飛機少一螺釘，危險極大，不比普通車輛故也。
一九四五年師於太平寺講《圓成次第》，盛讚根本乘與密乘暗合道妙之處，發前人所未發。曰：「密法若不與小乘合，有人說不是佛法亦無以自白。大乘中雖有根據而證據少，若以根本乘合之，則不多不少，相數恰合，安能謂其非佛法乎？」又曰：「若無《生圓次第》，則《法蘊足論》為虛設可惜；若無《法蘊足論》，人將謂《二次第》為外道，亦無可辯白。」此義無著時始略為揭示，又不可為外人道，外人有不知而興謗者故。根本乘與密乘處處可以扣合，不顯明合說者為防盜取也。
師晚年因世多輕視小乘，特對《阿含》慎密研究，謂阿含為佛金口所宣，百劫千生難逢之教，所有密法道理及秘密修法，《阿含經》裏均有含藏。於一九六零年起，不顧年邁體衰，每日精讀《增一阿含》，根據康公等恩師口授要訣，及自他多年學修經驗，撰寫《學記》，其自序云：「深悔少壯之年，以無知故，不識阿含大教無上無窮，未肯虛心學習。中年受雪山之教，漸識門路，乃於六零年發心細學《增一阿含經》，不怖經多文廣，一日不死，必學一日，以此誓願，超越老病，復蒙三寶文殊加持成就。」最後重序，指出其精微義理，入道要門，且謂：「服膺阿含，全心遵行，則神通光明，不求而自來。」苦口婆心，以助來學，前後一如，老而彌篤，顯密圓融，參證確鑿，令見聞者，倍增景仰。
顯密圓通，已如上述，下手方便，需依次第。學密法必需有顯教之基礎，未學顯教者，不能入密。顯教戒定慧三學，以戒學為首。師曰：「宗大師創額魯巴教派，所以特別興盛，即因嚴持別解脫戒，及攝持僧團如法羯磨之故。」又曰：「定道由戒律入手，乃額魯巴之家風。」定道不由戒入，即非正定，與解脫道不相應故。師又曰：「密法本來在戒律中，戒律即是密傳，故應結合而修也。大乘戒為密乘戒根本，密戒是大乘戒方便，二者尤不可分。初學密者，應學下二部，萬要與別解脫戒結合。」可見密乘戒必以在乘戒為基礎，大乘戒必以別解脫戒為基礎，此戒律方面顯密大小之次第也；修行方面，五道次第；密法《生起》與《圓成》二次第，均須循序漸進，不可顛倒，不可躐等。此乃歷代上師師師相承之寶貴經驗，保證穩速抵家。
深般若方面，甚深中觀正見，師以一頌概括：「生死涅槃纖毫自性無，緣生因果如如不虛誤，二互不違相助以出升，解龍樹義現證求加持。」釋曰：「涅槃者，生死盡也，既無生死，云何有涅槃？執有涅槃，仍是我執。金屑雖貴，著眼成刺。名言之自性亦無，不許有纖毫執著存在也。緣生因果則絲毫不可破，飛機少一螺絲釘即不能飛。二互不違者，無自性與緣生不違也，不空則不能緣生故。」
師於離言真諦，雖亦開示，但不喜談玄說妙，而側重於平常日用，融理於事，即事顯理。師曰：「般若要從八正道練習顯現，方是真般若。蓋真諦本無言說，一落言說，即是俗諦，即必須依八正道說也。」又曰：「慧者何？般若是也。般若無相，寓於六度萬行，故曰慧行。若廢行而談慧，則慧亦無所用。」所譯《慧行深意》，即《金剛經》之絕妙註釋，因所述皆為斷除我法二執，辯識種種煩惱魔事，若見諸相非相，即見如來。能以空慧，破諸魔境，非金剛而何？若徒尚玄談而無實際對治煩惱障難之力，又豈能名為般若耶？
有好口頭禪，妄執空理，妄自尊大，不敬三寶者，師嚴斥之曰：「如引一二句語錄，如來頂上行，一棒打死與狗子吃等，是總壞佛寶；或執三身中唯法身是真佛，三十二相等非佛，是壞一分佛寶，說唯自性如來是真，實則唯皈依其我執大魔而已。」或曰：「某種佛法好應學，某種不應學，是即壞法寶。」或曰：「只有唯識才對，後來於唯識中，又說只有某一派唯識才對，結果連玄奘師也不對，只有你才對，豈不可歎！」有謂僧人無戒行者，何必敬之？師曰：「人聞此說之後，每見出家人，即起一觀察過失之心，是即壞三寶之初步。」以上為破壞三寶之倒引。復有壞戒，壞依止等種種倒引，令人退道墮落，皆癡所攝。不為其惑，即是般若。故般若不僅談理，需於事上見般若也。
我我執魔者，「我謂我慢，我執謂有我之感覺，魔者即此二種習氣，……其體即是愚癡。應觀其極可鄙厭，隨時懲治。以此習氣，無始薰習，極難除去，須久久施功，方能滌除也。」
疑心多心魔者，謂諸行人於諸見行，未得決定，隨心取捨，而自心又未必合理，故成魔事。雖多能作，而無專尊修習，不得悉地。謂所修不成套，危險甚大，縱無危險，成就亦極緩。
又曰：「道之決定，即是無上殊勝之法，大魔障者即是道之掉動。修行人一生經得起幾番掉動？人生難得，轉瞬老死相迫，如何得了？宗喀巴大師此法，完全、細密、示人以修行之決定辦法，極為難得。若不幸遇此法，腹行無方，隨人牽引，如何能有成就？」
執二錯失魔者，「此魔最細。二者謂內心外境也，未了心境一如，皆此所攝。執有自性之阿賴耶，亦是此魔。對治之法，應修大般若，若會得庭前柏樹子，即是祖師西來意，便無此魔矣。」
我慢執魔者，於甚深空見，起諸我執，自謂能證，因起我慢，醉傲為性，於餘法餘人，輕毀藐視。師曰：「夫般若無所見，執有所見，非魔而何？八萬四千法門皆有作用，執己見而謗餘法，亦魔事也。」
執宗派魔者，謂執愛自宗、瞋他法派等偏執見。師曰：「康薩仁波卿於對治此魔，修行特別得力。故能攝受各宗各派之人，而化除其橫梗之成見。或問康薩仁波卿，紅教好否，師答言好，問何故好，答開珠仁波卿如是說故。……蓋各宗均有可採之處，以皆是佛弟子故。故評各宗不能一概抹殺其優點。開珠仁波卿指各宗之失，亦皆能洞中其癥結，使其心悅誠服。故好歹非不應分，但不應加我執耳。至初學者，先惟應專學自宗，至精熟已，方廣學他宗，抉擇分別。但雖知其短，非時亦不輕說，於他宗不勉強附和，亦不應輕事批評也。」
《慧行刻意》中述內外隱暗諸魔之差別行相，及消滅魔障之方法，極為精細重要。初以深般若滅魔，觀所障之自，能障之魔，及俱有障法，皆自心分別，無有實體。平時定中練熟，臨時即有作用。法空定能隱山河大地，內外一切當體即空，故能治魔。若有一絲芥蒂，即是魔立足處。次則治以廣般若，即以慈心悲心菩提心，以勝信恭敬力、甚深緣起力、咒力、修福力、堅信力、瑜珈力等而消除之。即以理事二門對治魔障，般若正見即寓於此中也。
師曰：「慧行未實證為正知正見，實證即是般若度。」學人今生至少應得見道，依戒依法精進學修，但勤耕耘，不問收穫，百折不回，必有成就。