在宗教的發展史上，民間宗教常為封建國家所不認同的宗教組織，甚至被誤認為邪教、秘密教，但是民間宗教流行於民間，成為庶民百姓苦難時的精神寄託，這是民間宗教長久存在的社會功能。民間宗教的歷史源遠流長，從接受古老社會的原始信仰及神話傳說、開天闢地等，人與自然環境奮鬥，人與動物相互殘殺，由於對生存未知的恐懼心理，逐漸形成自然崇拜、動物崇拜、英雄崇拜、鬼魂崇拜的人、神、靈三界相通的宗教思想。
民間宗教的形成，基本上與道教、政治、人性要求等，密不可分。道教始於東漢年間，由張角自立太平道，張陵自立五斗米道，以符水治病，獲得饑寒交迫的百姓的信奉。此乃民間宗教的雛型。另外，歷代的民間宗教的衍化，從南宋的茅子元創設白蓮宗，崇奉阿彌陀佛；六朝以來的彌勒下生龍華普渡的彌勒佛信仰，著重發願往生和極樂安養。白蓮宗以往生淨土為宗旨，廣招信徒，並且規定以普、覺、妙、道四個字做為信徒定名的順序，為了更深入社會，擴大影響的力量，茅子元以豐富的著述，擴大他的影響力。計有《蓮宗晨朝懺儀》、《淨土十門告誡》、《彌陀節要》、《西行集》、《圓融四土三觀選佛圖》等，只是年代久遠，篇章大多散佚，未能完整的保留下來。白蓮宗為明清社會中流傳最廣，影響最深遠的民間宗教，一般並以白蓮教做為民間宗教的總稱。
明神宗時，白蓮教活動更為頻繁，組織也更為龐大。總教主稱為佛院主或白蓮教主，傳說能知過去、未來，並具有開天門、破地獄的特異能力。總教主之下有許多教主，男教主稱佛爹，女教主稱佛娘。教徒入教要呈送入教費用，而且心要誠，不然會被打入地獄。萬曆年間，民間宗教除了白蓮教，還有其他新的教派，計有涅槃教、紅封教、老子教、羅祖教、悟明教、無為教、黃天教、龍天教、金禪教、還源教、大乘教、圓頓教等七十餘種民間宗教，其中最著名的是聞香教。由於民間教派林立，名目日愈繁多，形成任意捏造經典，隨時更改教名，荒誕不經之言搧惑人心愈趨嚴重，各種異端邪說成為迷惑世人之用。因此，萬曆四十三年禮部上書請禁「邪教」，嚴禁其傳教活動及削弱其組織勢力。民間宗教不被國家所包容的原因，主要的是民間宗教的基本群眾為社會勞動的階層，長年深受政治和經濟的壓迫，他們幻想依靠神靈的庇護，能夠得到精神的解脫。廣大的群眾組織起來，很容易形成一股力量，也由於聚會的時間為「夜聚曉散」，活動多呈秘密狀態，因此更為主政者所忌憚。
民間宗教在清代時受到更多的取締與更嚴厲的限制，但是民眾以反清復明為名義，打著白蓮教的旗幟，活動更加活躍，支派日愈龐雜。各教派傳教的方法，或喬裝成醫生、卜卦、貿易等身份，傳法授徒。一般教徒入教須有介紹人一至三人不等，並要經過入教的儀式，有授戒、傳訣、唱誓願文、上表掛號、對合同等內容。其中各教派皆有傳授的口訣，內容不一，但比較普遍的是「真空」八字咒語，為「真空家鄉，無生老母」，教徒一般的修行活動為念經、燒香、拜懺、上供、坐功、納錢等。
明清時期民間宗教均有婦女參加，在各個教派裡，地位是平等的，皆以兄弟姊妹相稱。如：明末的龍門教教祖為米奶奶，且歷代掌教者都是婦女，教徒也以女性居多；又如清代的大乘教教祖呂菩薩亦為女性。在明清時，白蓮教的女首領，唐賽兒、王聰兒率軍起義，寧死不降，受到後人的景仰。總而言之，民間宗教的信仰，實包含著豐富的人文色彩與人們內心對幸福的渴望。它源於基層社會民眾的需求，也同時反映了平民百姓的心靈世界，糅和了佛教的淨土思想、道教的符咒仙術、儒家的人倫綱常、陰陽五行的宿命觀念，乃至祖先鬼靈崇拜，以及許多地方性巫術與泛靈信仰。
民間宗教的信仰，沒有統一的組織、教義、儀式，經常和一般現實生活的希求相互混合，可涵蓋祖先崇拜、神明崇拜、歲時祭禮、地方禮俗、符咒法術等，民間宗教從東漢的太平道、五斗米教發源，演變至今的民間教派，如齋教、鸞堂、一貫道、天帝教、軒轅教等。民間宗教還融和了許多地方性的信仰，如廣東人崇奉三山國王、泉州人則信奉廣澤尊王、漳州人以開漳聖王為偶像。又原本只是漁民信奉的媽祖，日後逐漸演變成人民的守護神。民間宗教在台灣，內容益發顯得多樣與活潑，每年各地龐大的迎神賽會，如基隆的農曆七月的中元普渡、東港的燒王船、農曆三月的「媽祖生」等，都是流行於民間的重要節慶。
民間宗教信仰根植於傳統的敬拜天地萬物的信仰文化，用禮義仁愛來維繫人倫綱常，以善惡報應的思想建構祥和族群。原是善美的民間信仰，但是由於現代人過於追求物質的滿足，迷信神通能夠改變一切禍福命運，其中有不肖的靈媒假神明附身之名，藉機歛財騙色，更玷污了神聖的宗教信仰。民間宗教的繁雜形態，與法術、靈異、神鬼、法事本不可分，但透過民間宗教的種種儀式，其中不僅蘊含歷史、文化、藝術的寶藏，更處處展現先民生活禮俗的遺跡。民間宗教膜拜神明的信仰，以「舉頭三尺有神明」的因果報應自我規範，對維持井然有序的社會有一定的助益，因此，也不應將民間宗教界定在愚夫愚婦的迷信範疇裡，而對它有所鄙視。宜重新為民間宗教估定價值，揭開民間宗教繁雜儀規裡的神秘面紗，讓人們從敬畏天地神明，轉而淨化自己的身心，提昇自己的道德。希冀民間信仰能從禮拜神明，深信善惡有報的真理；從處處依附改運的法術，省悟「謀事在人，成事在天」的不變準則；從恭敬天地鬼靈，而能心存慈悲，積集福德，不把禍福的因素完全歸於山川鬼神。讓民間宗教擺脫江湖術士的符咒、占卜等世俗化的色彩，恢復民間宗教簡樸的本來面目，也還給屬於宗教的莊嚴與神聖。