佛陀為適應眾生根器，演說八萬四千法門，在原始佛教時代，諸大弟子便已隨個人的性格、思想、專好以及對教法的實踐，而呈現出迥異的風格。所謂「佛以一音演說法，眾生隨類各得解」，後來更因時空因緣改變，後代佛弟子根性不同，對佛法義理也以不同角度詮釋、探究，由根本分裂到枝末分裂，逐漸形成印度部派佛教的發展。
根本分裂：上座部與大眾部的分裂
佛陀入滅後百餘年，僧團對外的弘化日廣，面對各民族、語言、風俗、文化的差異，佛弟子對佛法義理及戒律行持也出現意見上的分歧，僧團首度分裂成主張積極前進，以革新派比丘為主的「大眾部」，和思想偏向傳統保守，以長老比丘為首的「上座部」。
依據北傳佛教說法，部派分裂的主因在於教理上的見解不同。《大毗婆沙論》和《異部宗輪論》記載，認為僧團發展應以自由、進步為特色的大天比丘，以「餘所誘無知，猶豫他令入，道因聲故起，是名真佛教」一偈所說的「大天五事」，表達對阿羅漢證果五項教義的新見解；持反對意見的上座部長老，為此與新進思想派比丘爭論不已。在阿育王親自協調的決議中，新進派比丘獲勝，上座部長老比丘因此不得不離開雞園寺，遠赴西北迦濕彌羅國，僧團正式分裂為「大眾部」和「上座部」。
另外，南傳佛教則認為，部派分裂是由於佛陀入滅後的百年之間，東方毗舍離跋耆族的跋闍子比丘提倡「十事」新說，與西方主張嚴持戒律的耶舍長老，引發行持上的爭議。耶舍比丘獲得離婆多長老協助，邀請七百位聖賢比丘為律典作一結集，並在集會上一致決議「十事非法」；而主張此十事可行的比丘也同時舉行結集，因此而造成分裂。
佛教史上將這次的分裂稱為「根本分裂」。
枝末分裂
上座部與大眾部根本分裂後，教團流傳漸廣，但由於師承不一而對義理解釋不同，加上各地多樣性的風土人情，各教派出現了因地制宜的主張。在各自發展論學、思想下，派系愈分愈多，到了佛陀入滅百年後至四百年間，「上座部」與「大眾部」又衍成二十部(或說十八部)的「枝末分裂」。
一、上座部分裂
《異部宗輪論》記載：上座部在佛陀入滅後約三百年至四百年初，發生七次分裂，分成十一部。
第一次分裂出現主張「三世實有，法體恆有」的說一切有部。這是上座部系最大的派別，所傳的論藏典籍也最多，後來被視為上座部的代表。原來的根本上座部，因勢力大減而隱退至喜馬拉雅山中，稱為「雪山部」。
第二次分裂是從說一切有部分出了「犢子部」；後來，因對「已解脫更墮，墮由貪復還，獲安喜所樂，隨樂行至樂」一偈的看法各有不同，犢子部又分出「法上部」、「賢冑部」、「正量部」和「密林山部」，稱為第三次分裂。
第四次分裂是從說一切有部直接分出「化地部」。「化地部」主張「佛與二乘，皆同一道，同一解脫」，並說「僧中有佛，故施僧者，便獲大果，非別施佛」，此觀念已具備大乘佛教思想。
第五次分裂則指從化地部分出「法藏部」，法藏部相當重視「咒藏」和「菩薩藏」，開啟了後代大乘密教的先河。第六和第七次分裂時間大約在佛陀入滅後第三百年末至第四百年初，從說一切有部直接分出「飲光部」和「經量部」。「經量部」的開祖鳩摩羅馱，因善用譬喻說法，而使「譬喻」成為此部派的最大特徵，被視為後來大乘佛教譬喻文學的基礎。
二、大眾部的分裂
「大眾部」又稱「摩訶僧祇部」，是大眾部的根本部派，大天為其開祖，以「緣起觀」為論點，主張「現在有體，過、未無體」。「大眾部」的分裂前後有四次，大約發生在佛陀入滅後二百年中至滿二百年間，共衍出九部，是激發大乘佛教興起的主流。
第一次分裂時，以「世出世法，唯一假名，皆無實體」的主張與大眾部主旨不合，獨立分出「一說部」；而「說出世部」則以「世間但有假名，出世間法則皆真實」另成一派；「雞胤部」則認為阿毗達磨是佛陀的真實教法，經律為方便教法，並主張應捨方便，依正理精勤修行，才能疾斷煩惱。
第二和第三次分裂，各分出「多聞部」和「說假部」。最後一次分裂則是在佛入滅後滿二百年，大眾部因重新論議「大天五事」，或有表示贊成，或有表示反對者，因而分出制多山部、西山住部和北山住部。
從上座部與大眾部分裂出來的部派中，有的以教理特色命名，有的以地名為部派名，更有以創始者立名者。各部派雖各自建立思想體系，但對於佛教的基本義理如「三法印」、「四聖諦」、「八正道」、「十二緣起」、「涅槃」等，仍持一致的看法。
從根本分裂到枝末分裂，在佛教史上以「部派佛教」稱之。在百家爭鳴，各有千秋的潮流之下，部派佛教展現了佛教思想發展初期的黃金時代，有如百花齊放，繽紛而燦爛！