西藏的佛教，應溯自西元四世紀，藏王拉托托•日寧贊得《如意珠寶篋莊嚴經》等，因不解經義，以「玄密聖物」奉祀；至西元七世紀中葉，藏王松贊干布始建寺譯經，這是西藏佛教的嚆矢。
西元八世紀中葉，藏王赤松德貞虔誠奉佛，積極弘揚佛法，迎尼泊爾寂護大師入藏，講說律藏、中觀，建桑耶寺。惟是時藏地原始苯教排斥佛教，災難頻傳，佛教發展備極艱辛。西元七四七年，藏王接納寂護大師的建議，遣使者恭迎印度密教蓮華生大士入藏，立宗弘化，乃開藏密之源。大師以神通降服苯教教徒，悉奉佛教，同護佛法，屢建未成的桑耶寺乃順利竣工，所傳真言儀軌亦告大備。是時，並得啤瑪拉密渣尊者大力相助，披度僧眾，依教修行，這是藏地佛教前弘期的盛況。
西元九世紀，苯教反佛勢力興起，藏王朗達瑪大舉毀滅佛教。其後，藏地內亂，民生疾苦，引起藏人向佛之心，乃迎印度尊者阿底峽入藏，從事改革，佛法再興，開啟藏地後弘期佛教的發展。
在西藏佛教史上，佛教遭朗達瑪毀滅前，蓮華生大士所傳佛法，稱舊派，藏語稱「寧瑪派」；阿底峽尊者以後所傳佛法，稱新派，藏語名「噶當」，又稱新紅教，係將原來的密教融和顯乘，以顯密不二，經典與曼陀羅合一，為解脫要道，護持者眾。此後，西藏佛教迅速發展，宗派林立，因此精舍林立，寧瑪、噶舉、薩迦、格魯為四大教派，其餘尚有當巴桑吉所建的「希解派」，袞邦欽波•特吉尊椎所創的「覺囊派」，博東巧勒南杰所立的「博東派」，布敦所興的「霞魯派」，以及如南喀堅贊雖未列「洛扎派」名，而顯盛一時的流派甚多。時至今日，或雖典籍尚存，法統失傳，或以法脈尚興，教義相似，或以流傳未久，而未弘傳，皆不贅述。茲就四大主流寧瑪、噶舉、薩迦、格魯四派概略說明如下：
一、寧瑪派(紅教)
寧瑪派是西藏佛教中最早的教派。寧瑪，藏語古老的意思。始祖即藏密開祖蓮華生大士，大士入藏之後，降魔建寺，闢地譯經，弘傳密法，一時佛法大興。
十一、十二世紀間，藏僧三索爾及絨卻吉桑波等，奉蓮華生大士為開祖，依其密咒及所遺「伏藏」修習；自藏傳佛教後弘期始，稱寧瑪派。又此派僧人頭戴紅色僧帽，因此別稱為「紅教」。
寧瑪派重個人實修，奉大乘思想，不置寺院，覓隱密山洞，修持巖藏或心中取得的蓮華生大士所傳密法。後來規模益廣，形成六大傳承，即噶陀、白玉、左千、雪謙、多傑乍、敏珠林是，盛行於康藏、青海、四川等地，至十六、十七世紀，始有較具規模的寺院，且發展快速，海內外承侍此派受法修行者眾多。
二、噶舉派(白教)
本派祖師馬爾巴，親自到印度向密教大師那洛巴修學密法，回藏後成為噶舉派的開祖。噶舉派注重口口傳授。噶，意指「佛語」或「師長的言教」；舉，意為「傳承」。此派在修法時穿著白色僧裙(馬爾巴沿襲自印度習俗)，別稱「白教」。
馬爾巴傳授「喜金剛」、「密集金剛」、「大手印」等密法，並全力投入梵典漢譯的工作。他以在家居士身分傳法灌頂，門下弟子以密勒日巴最為傑出，是西藏佛教史上著名的詩人聖者。密勒日巴的再傳弟子岡波巴，其弟子分為四大派和八小派，其中，杜松虔巴所創立的噶瑪噶舉派，即第一世噶瑪巴，以活佛轉世的方式傳承此派，至今已轉世至第十七世，從二世開始為忽必烈之師，乃至十世皆為中國元朝皇帝的教授師。
噶舉派的教義傳承自應成派《中觀論》，最主要的教法是「大手印」法，並著重將生活中的不順遂視為修道的「助緣」，主張於逆境中磨練意志，以增長學法的信心。
三、薩迦派(花教)
西元一○七三年，薩迦派的教主貢卻嘉布，在後藏仲曲河谷的薩迦地方，以所建的薩迦寺為名，成立此派。此派寺院牆上繪有象徵文殊、觀音與金剛手菩薩的紅、白、藍三色花紋，因而又名「花教」。
薩迦法王與教主的繼承，是採父子相傳的家族傳承方式世代輪替相承。薩迦四祖貢噶堅贊曾應元帝忽必烈召請入朝，被尊為帝師，著有《薩迦格言》，流傳至今。薩迦五祖八思巴，亦被元朝尊為帝師，冊封為「大寶法王」，並委以全藏的統治權，薩迦派因而盛極一時。隨著元朝政治的衰微，薩迦派在西藏的地位也受到重大的影響，但其教義仍然流傳至今。
薩迦派所弘傳的密法，傳承自貢卻嘉布得文殊的啟示，以清辨一系的中觀派教學解釋祕密乘，「喜金剛」法為其傳承，並以顯教中觀、唯識思想為基礎，注重「道果」密法的傳授。其教法有三個主要的修行次第，即：最初捨非福(惡業)中斷於我執(人空)，後除一切見(法空)，知此為智者。
四、格魯派(黃教)
宗喀巴遙承噶當派傳統，於西元一四○九年以所建的立波噶當寺為名，創建「立波噶當派」。其後，又在拉薩創建甘丹寺，並發起「傳召」法會，乃改為「格魯派」。「格魯」意為善規與善行，後世尊宗喀巴大師為創始者。宗喀巴提倡宗教改革，講求戒律精嚴，注重顯教修學，並主張先顯後密的教法。此派因頭戴黃色僧帽，故又稱「黃教」。
宗喀巴採取噶當派阿底峽尊者顯密合一的思想，並建立先顯後密的修行次第，以五大部論為修學顯教必修課程。宗喀巴的代表作《菩提道次第廣論》和《密宗道次第廣論》，不但體現他的思想體系，也是格魯派的理論基礎。
格魯派是西藏佛教教派中最後興起的，十五世紀以後的西藏歷史與格魯派的歷史密不可分，其勢力強大，寺院眾多，最著名的有甘丹寺、哲蚌寺、色拉寺和扎什倫布寺。
西元一九五九年文革期間，十四世喇嘛丹增嘉措出走到印度西北部的達蘭沙拉，並建立流亡政府至今。
隨著藏僧的流亡海外，各個教派在世界各地重建梵宇，弘傳密法，揭開了西藏的神秘面紗。各國學者對西藏的傳統、語言、典籍、教派、美術等方面，都有廣泛的興趣，形成研究、撰述與闡揚的熱潮。