西元六世紀中葉，佛教自中國經朝鮮傳入日本，其間曾引起正反兩派不同意見的爭執，後由崇佛者獲得勝利，自此開展日本佛教史新頁。日本佛教的發展、演進，可略分為：飛鳥時代(五四六－六四五)、奈良時代(六四五－七八一)、平安時代(七八二－一一九二)、鎌倉時代(一一九二－一三三三)、室町時代(一三三三－一六○○)、江戶時代(一六○○－一八六八)、明治維新之後(一八六八－？)等七個時期。
一、飛鳥時代
日本佛教初期的建立，歸功於聖德太子的推展，在他攝政的三十年之間，下詔興隆佛法，創建寺院，親自宣講佛經及著疏，遣使入唐，將自朝鮮傳入中國文化的途徑，改為由日本直接與隋唐文化的交流，並以佛教為國教。推古三十三年(六二五)，高麗沙門慧灌抵日，弘傳三論，開日本三論宗之始，門下俊傑甚多，三論便成為此期佛教的主流。另道昭入唐(六五三)，從玄奘大師習法相，為日本法相宗的初傳。綜觀佛教於此初傳期間，得到國家的保護，唯當時社會仍多以求神的心態奉佛，尚未進入真正的慧解與行持。
二、奈良時代
奈良時代傳承飛鳥時代的護佛政策，以興隆佛教來護國祐民。有聖武天皇熱心推展佛教，興建壯麗宏偉的東大寺，鑄造世界有名的奈良大佛，並請唐鑑真大和尚設壇授戒，正式確立日本佛教的戒法，並推崇華嚴思想，以體現其政教合一的理念。本期佛教學風鼎盛，主要宗派有三論、成實、法相、俱舍、律宗和華嚴等六家，即所謂「奈良六宗」。各寺大多諸宗並存，研究者也數宗並學。唯其中以華嚴宗受聖武天皇的重視，具有優勢地位。又法相宗人才輩出，成為本期佛教思想的主流。其他方面如寫經、佛教文學、美術等，也同時盛行。綜觀此期佛教，著重人間性、國家性，並有學術發展的特色，在教理上傳承於中國，尚無新論。
三、平安時代
平安前期的佛教，以最澄和空海從唐朝傳入的天台及真言宗最盛。最澄入唐，兼學密、禪、戒各宗，日本佛教因此具有複合性，融和而成日本特色的天台教。空海著有《辨顯密二教論》，是最早的密宗教判理論書。至此，日本佛教已漸脫離中國的範疇，而發展出民族化的佛教。另在最澄及空海度唐前後，許多僧侶亦同時至中土求學，即所謂「入唐八家」，也聞名古今，所學皆與密教有關。因此，平安前期的日本佛教，可稱為密宗的興隆時期。又本期佛教深受貴族們所信仰，因此貴族青年皆以出家為風尚。
平安中葉之後，貴族與武士間的矛盾嚴重，佛教為保護寺產，徵集武士為僧兵，於是佛教僧侶涉入了日本政治漩渦，奈良六宗衰微，末法思想產生，但也因對末法的警覺，佛教開始出現新的宗派。首先出現的便是含淨土思想的念佛往生派，以空也上人與惠心源信為代表。因此奈良時代國家性、學術性的佛教，到了平安時代，便轉變成民間化的佛教。
四、鎌倉時代
平安末期經過慘烈內戰後，由源賴朝於鎌倉設置將軍幕府，開展了鎌倉幕府時代，亦拉開日本武家專政制度的序幕。在佛教方面，新興宗派紛紛出現，奈良六宗亦有復興之勢，新舊佛教之間產生多元化的互動與影響。依發展時間先後約分三期。
第一期：1.法然(源空)提倡以稱名念佛為主的淨土宗；2.榮西提倡兼融台、密、禪的臨濟宗；3.慈圓中興天台宗、貞慶中興法相宗。
第二期：1.明惠提倡華嚴宗的「信滿成就」論；2.親鸞創立以信心為本的淨土真宗；3.道元倡立修證一如的曹洞宗。
第三期：1.日蓮提倡口念「南無妙法蓮華經」經題為證悟之本的日蓮宗；2.一遍強調以一心念佛為主的時宗。
淨土宗與淨土真宗兩派，信仰人數最多，為日本最普遍的宗派。因此，淨土真宗與日蓮宗可說是日本本國化的佛教。日本佛教在鎌倉時代是一個轉變時期，新的改革運動使日本佛教各宗派在歷史上展開新頁。
五、室町時代
由於社會動亂之故，佛教亦由鼎盛而至衰微。唯有禪宗因武士的歸仰及其「明心見性」的宗旨，所以能在戰禍中一枝獨秀的盛行於社會各階層，也因此產生混合禪味的日本茶道、花道、書道和劍道。又禪宗高僧受到將軍和武士的尊崇和擁護，也自然推動了「禪」的盛行。這時期最被推崇的是確立「五山文學」地位的夢窗國師與大燈國師。另外，淨土宗、淨土真宗、日蓮宗等宗派，皆在創始人圓寂後，因思想正統之爭，而逐漸分裂成許多派別，但仍受到許多農民信眾的護持。室町末期，進入諸侯割據的戰國時代，佛教形成兩種不同的形勢：一是與武士聯合以適應環境的真言、天台等宗；另一股力量則結合被壓迫的民眾，如農民及下階層人，以爭取有利形勢，如淨土真宗及日蓮宗等即是。
六、江戶時代
戰國時代的動亂結束後，德川家康在江戶設置幕府，為使日本減少外國的壓力與內部紛爭，頒行「鎖國政策」，以禁止耶穌教及其他容易引起動亂的活動，佛教與其他文化因而能在穩定中持續發展。德川家康是淨土宗的信徒，因此努力保護佛教，並將佛教納入封建政權的體系中。他頒佈「寺院法度」，用來制定各宗派所屬寺院的屬從關係，及對寺院的種種規定。又實施「寺檀制度」，使全國每一個國民都有歸屬護持的寺院。由於法度的限制與寺檀的建立，寺院僧侶的生活獲得了保障，但也導致佛教發展的停滯。
本期佛教有隱元隆琦禪師(一五九二－一六七三)從中國應邀至日本創黃檗宗最受矚目。「黃檗宗」與臨濟、曹洞二宗並稱，為日本禪宗第三大派。整體來說，本期的法度制度，是獎勵學問的，然在思想方面卻受到限制，因此在佛學研究上並無特殊表現。反之，江戶末期，儒學與國學卻積極推展，此時日本神道也應時復興，但是受到「廢佛毀寺」的影響，佛教又進入黑暗期。
七、明治維新
孝明天皇慶應三年(一八六七)，將大政奉還，第二年開始「明治維新」。明治天皇在明治元年(一八六八)頒布「神佛分離令」，以神道教為國教，又以種種理由，迫令僧侶沿用俗姓，甚至鼓勵僧侶食肉帶髮娶妻。佛教界因此集合信徒發起「護法一揆」(團結一致)運動來反抗，才獲得停止，但有日本淨土真宗受其影響。至福田行誡、大谷光尊、赤松光映等新佛教先驅，以世界宗教大勢，評駁政府的宗教政策，又有真宗西本願寺派的島地默雷等大力宣導宗教自由立場，終於在明治二十二年通過宗教自由的法律規定，佛教至此才得以渡過困厄時期，進入新的時代。
明治二十年前後，自由研究佛學的新風氣普遍展開，佛教大學的建立、經典的整理，以及佛學辭典的編纂發行等工作，更充實了日本現代佛學的內容。而在信仰方面，已經脫離中國佛教型態與觀念，並且在日本文化醞釀下的佛教也已普及於民間。二次世界大戰後，佛教更是蓬勃發展，新興宗教如雨後春筍般成立，其中以日蓮系分化出來的最多，如創價學會、靈友會、立正佼成會等，發展極為迅速。