在四聖諦（苦、集、滅、道）的苦聖諦中，苦的生起因是我們過去所做的業及現前的煩惱。過去所做的業已造，現世要受報；而現前的煩惱決定於我們，可要它生起或不生。那些修行的聖者，證果的聖人，可以把握自己的煩惱，不讓它生起；我們凡夫沒辦法，這其中有多個原因，一般認為這是我們業障深重，但是根據佛陀說我們的煩惱是從六根接觸外境後，因為迷惑而生起的。煩惱的種類很多，有的分成六根本煩惱、有的稱為三毒；六根本煩惱再分成十惑；再分成小隨煩惱、中隨煩惱、大隨煩惱等等。現在要講的是根本煩惱，以及大、中、小各種隨煩惱。
一、根本煩惱：
最根本的煩惱有貪、嗔、癡，稱為三毒。一般人說某人很貪心，很會發脾氣，很愚癡，這與佛法中所說的貪、嗔、癡有點不同。
（一）、貪：佛法中說貪是於三有及資具（順境）染著不捨。三有是欲有、色有、無色有。因為眾生貪欲界、色界的種種事物，及貪無色界的種種心態，使他們繼續在欲界、色界、無色界（三界六道）中受生，再度輪迴生死。眾生對欲界的種種事物有貪愛，則生在欲界；眾生對色界的種種事物有貪愛，則生在色界；眾生對無色界的種種事物有貪愛，則生在無色界。當一個人無欲界的種種貪愛，就會生到色界；對欲界、色界之種種貪愛已斷除，則在無色界受生；斷除這三界的種種貪愛，就再也不來三界，叫做不受後有，再也不貪著這三有了。
貪著三有及資具是講貪著三界中的種種事物。我們生長在人間，貪求人間所享有的物資。比如貪著住富麗堂皇的房子，睡高廣的大床，穿華麗的衣服，坐舒適的椅子，此種貪著使我們再來欲界受生。但是此貪心是過去的業習，它在我們過去業中形成了這種心理，就如一個人他本來沒有抽煙，今生有人叫他抽，慢慢學習，對香煙染著，上了癮，生起貪愛的心，看到香煙就想抽，以後沒看到香煙也想要抽，我們說他對香煙有貪愛。凡夫對三界的事物也好想染上煙癮一樣，沒有在眼前，內心都想要，所以造成下一世再來三界中的任何一界受生死輪迴，所以貪是三有之貪。
（二）、嗔：一般人對嗔的瞭解是：發怒，生氣等，但佛法中說嗔是於三苦及資具（逆境）憎惡不能忍受。
苦有三苦：
（1）、苦苦：既是身心之苦受。生、老、病、死、怨憎會屬之。
（2）、行苦：東西變化無常，我們做不了主。五蘊熾盛苦屬之。
（3）、壞苦：既是樂受變壞或得不到。愛別離、求不得苦屬之。
對於這三苦，凡夫不能忍受，不想要它，但業報又是如此這般做不了主，又丟不掉，所以對這三苦起嗔心，然後對引起三苦的東西也起嗔恨。例如：某人嗔恨某某人，對仇人的東西也起嗔恨心。又如有人駕一輛老爺車，半路拋錨了，不能準時赴約，結果苦惱起，嗔心生，連那輛老爺車也都被敲、被踢，這就是對此資具也討厭。
貪是對於順境起貪愛之心；嗔是對於逆境起嗔恚之意，它們所對的境是絕然不同的。貪、嗔的心絕對不會同時生起，貪愛那個東西，絕對不會嗔它；嗔那樣東西也絕對不會貪它。或許有人會這樣認為：我愛某個人，我也恨他。這件事是應該如此理解：比如一對戀愛中的男女，結婚前覺得對方有許多優點與美德，結婚後卻發現對方有一些缺點，結果有時貪愛他，有時又嗔恨他，但貪愛與嗔恨的部分是不一樣的。兩種心情混在一起時，他就搞糊塗了，到底我是愛那個人呢？還是恨那個人？所以貪愛與嗔恨之心決不會同時生起，但貪愛與嗔恨之間，取捨不定時，則產生愚癡。
（三）、癡：既是無明，於諸事理迷惑，是非不明，事理無知。對四聖諦、三寶的實、德、能（真實、功德、自能修成），不能信受。既是說對於真理的實、三寶的功德、自己與他人能修行解脫，這三件事情迷惑，沒有信心；或是對一件事不知分辨對與錯，這都是愚癡。比如說你愛某人，是愛他的優點與美德；你嗔某人，是討厭他的缺點。這使你混淆，把兩件事當作一件事，不知是對或是錯，不能明辨是非，就產生愚癡。實際上世間的種種事物是不可能十全十美的，但你要美滿、美好，好的你要，壞的你不要，好壞在一起時，不能分辨是非，而產生不知取捨，結果不知如何是好，這就是愚癡。
我們對事理不明白，不知曉，這也可說是愚癡。當我們愚癡時，往往會做出各種傻事，比如看到人受病苦的折磨，我們可憐他，認為反正他是要死了，不如把他人道毀滅，讓他早日解脫，這就是愚癡。因為我們不明白病苦中有因果業報，決不會因為斷了他的命就可以解脫。今生他要受如此病苦，這世逃不掉的，這使對事理不明白而產生的愚癡。
（四）、慢：把自己和別人相對比，內心產生高傲的心理，稱為慢。慢有許多種，最普通的一種就是「自尊心」。當你比別人差時，事情做不成功，失敗了，別人嘲笑你，有滿心的你就產生苦惱，認為你與他平等，這就是慢。眾生「慢」的心理可分三種情況來看：
（1）、你的地位、名譽比他人高，而你也認為比他人高。
（2）、你的地位、名譽與他人平等，而你卻認為比他人高。
（3）、你的地位、名譽比他人低，而你卻認為與他人平等或比他人高。
慢的產生是把自己與他人作對比而產生的。比如人有汽車，我沒有，認為他人沒什麼了不起，我只是不要買罷了，這就是慢－－與人平等，卻認為自己比他人了不起。再比如：來這兒聽法的信徒都是平等的，假設這其中有一位是大學生，他可能會認為自己是大學生而起慢心－－比他人高，自己也認為比他人強。但他回到家裏，進了廚房，他的媽媽可能就會說：你這個大學生有什麼了不起，不會煮也不會炒，還是我比較行（慢）－－比他人低，確認為比他人強。所以慢心的生起是以自己的長處與別人的短處相比，而生起高慢之心。
（五）、疑：對於諸真理常猶豫不決。歷史記載二千多年前釋迦牟尼佛修道成佛，解脫生死，你卻認為有煩惱怎麼能夠解脫生死呢？對此真理產生不信的心理，稱為疑。此懷疑使我們不能接受真理，並非真理不可讓人懷疑，而是我們對於任何事物都存有懷疑之心，這是一種煩惱。比如我告訴你們我的俗姓是「蘇」，有人聽了就相信，但有些人聽了就會產生「是不是姓蘇啊？」此懷疑之心，就是他內心的一種煩惱。有再打個比方：「美國太空人已登上月球。」有人聽了就產生「是不是真的呀？」他根本不想去尋找答案，不去瞭解，就直接產生懷疑，這種「疑」的心理狀態，就是煩惱。我們對某些事理，再還沒有真正瞭解之前是可以持有懷疑的態度。當我們真正徹底明瞭後，就能接受、相信它，這種懷疑的態度佛法可接受。
在佛經中說：如果一個人沒證悟初果，他對四聖諦、三寶多少會有疑問。這疑問我們可以保留，但因此而妨礙我們證悟初果。有些人說他對某種修行方法深信不疑，但經過一段長時間的修行後，如果沒有證悟，就會生起疑問，懷疑起來。這並不表示當初他對某修行法門沒有懷疑，而是他的疑心被信心遮蓋住。「疑心」是一個很深的煩惱，它是根本煩惱之一。例如：有人對「四念處」這個修行法有信心，他用十多年去修學，但沒有什麼成就，就懷疑此修行法；因為沒證悟，更懷疑那些證悟者修行證悟的成果是否是真實的，這就是疑的煩惱。一般很深的「疑」煩惱凡夫是不容易發現的，除非我們面對修行、煩惱等磨練的時候，才可知道我們對佛法的道理是否是深信不疑。證初果者斷戒禁取見、我見，對世間看得很清楚，對佛法就毫無懷疑了。
（六）、不正見：對於因果道理等起不正確之知見。
（1）、身見：執著世間有個身心是我，稱為「我執」。我執有兩種：在行為方面的我執就是「我慢」；在思想方面的我執稱為「我見」，也叫做「身見」。我執並非是聽完無我，相信無我，也確定無我的道理是正確後，就無此煩惱，而是放下我見的煩惱罷了。我執中的「我慢」是我們內心中根深蒂固的煩惱，碰到任何一件事物，我們就有一個心境內、外的對立，外面的是外境，裏面的是我。因為有我執就會生起貪生怕死之念頭，就會起貪、嗔、癡等煩惱。譬如對「無我」的道理深信不疑的人，被人用刀子威脅時，他會怕死，此怕死的行為不是我見，而是我慢。「我慢」不可憑聽講道理來破除，它必須以修道來斷除；「我見」是一種思想上的煩惱，它可通過明瞭無我的道理，就可破除之。
（2）、邊見：由於身見對於我生起斷、常見，稱為「邊見」。先有我見，才有邊見。執著世間有一個永恒的我，認為我死後一了百了，什麼都沒了，稱為「斷見」。
（3）、邪見：謗無因果（業因果）、無作用（轉世、父母），無事實（佛、阿羅漢）。謗無因果，起種種邪見。認為作善無善報，做惡也無惡報，此是無果。有些人認為人的出生是「無因」的，就是由父母生出來；死後一了百了，既是「無果」。有些人認為殺死雞鴨無需受報，雞鴨是生下來讓人吃的，此屬於「無果」。世間有三世，既是過去世、現在世、未來世，但他不相信，此既是「無作用」；對佛陀所說的三寶、四聖諦等，以為「無事實」，而加以譭謗。
（4）、戒禁取見：執持不正確之戒律。有人持牛戒，以為牛吃草沒殺害生命，就認為也應該吃草；有些人認為牛是乾淨的，所以吃牛肉不吃豬肉，這些都是「戒禁取見」。
（5）、見取見：執取諸見為已見，認為此見是最優勝的，最正確的，而生起鬥爭，稱為「見取見」。執取前面四個見，認為是最正確的，也是見取見；比如你認為人死了一了百了，此是「邊見」中的「斷見」，而你卻執著這種見解是正確的，這個執著稱為「見取見」。世間人往往執著自己的思想、知見是正確的，別人的是錯誤的，乃至執著正確的知見是對的，亦是見取見的煩惱在作怪，並非我見。
這六根本煩惱中的貪、嗔、癡稱為三毒。貪、嗔、癡、慢、疑為「五鈍使」（思惑）要修道才能斷除。不正見中的身見、邊見、邪見、見取見、戒禁取見稱為「五利使」（見惑）要見道才能斷除。五鈍使和五利使合稱為十惑。
二、隨煩惱：
隨煩惱就是隨著根本煩惱而生起之煩惱，共有二十個。
（一）、小隨煩惱：行相互違，各別生起。
（1）、忿：對現前逆境，不能忍受，起嗔心。
（2）、恨：對過去逆境起嗔心，念念不忘，不捨而起嗔心。比如說，現在人家罵你，你再做其他事務，不理會他，過後在想起就生起嗔恨之心。脾氣暴躁的人，忿心所容易生起；豪爽粗礦的人，生氣後就沒事了，忿心所比較多，懷恨心少；城府很深的人，遇到逆境是忿少，他不出生色，但懷恨在心。有些人現在你講他幾句，他若無其事，但過後越想越恨。中國人講女人懷恨三年，意思就是說女人把事情掛在心上，念念不忘，就是恨的心理。
（3）、惱：有了忿恨後，越想越苦惱，身心煩躁惱熱，心跳加速，熱血沸騰，並以粗暴言行騷擾他人，或疾言厲色的怒罵別人，使他人也苦惱。
（4）、害：惱後就無悲愍及愛心，常以打殺、恐嚇等侵損逼害眾生。就好像他對我不仁，我就對他不義。
惱與害之差別：有些人「害」的煩惱少，被人欺負，只會在那而「惱」罷了，即使他很苦，也不敢害人，這種人就是有良知，有慈悲心者，他沒能力反抗，因為不敢害人。反之有一些人，他有害的煩惱，苦惱之後就要去對付別人，這就是由「惱」轉為「害」；有些人很殘酷，路過見到一些貓、狗等小動物，他都無緣無故地踢一腳，這是沒有惱，但是有害的心理，沒有慈悲心；看到蛇、蟑螂就一定要打死；看見蟑螂討厭是因為惱、忿、恨，所以打；但是看見青蛙也要打死，那就是害的心。這世間就是有一些沒有慈悲心的人，經常損害別人。
（5）、嫉：即妒忌，不能忍受他人之成就、優勝而起嗔心。有些人妒忌別人的名譽、地位、財富等。妒忌別人比自己漂亮；別人的孩子比自己的聰明；別人做事有成就被讚歎，而令你生起妒忌等等。此煩惱是與他人無關，沒人惹你，是自己不能忍受別人比你優越，而生起妒忌的心理。
（6）、誑：虛偽的誇大，或是以言行假裝有才德，為求名利來欺騙他人。比如有人問一個問題，你不會，但為了表示你的學問淵博，你就不自量力的亂答；或是原本你無能力，卻假裝自己有能力辦事。甚至無德之徒以種種虛假的行為表現，讓人家以為他有德行，此亦稱為誑。此煩惱有欺騙他人的心理。
（7）、諂：以言行隱藏過失，並奉承他人，以免名利有損。這是為了取信於別人，拍馬屁也是一種諂。小孩子做錯事後，往往為了怕被打而表現乖，這就是諂的心態。
（8）、覆：覆並不是心的善、惡，而是後悔做錯了事，但隱藏不願讓人知道，恐怕損己之名利。例如凡戒後，心想還好沒人知道，這就是覆的煩惱。
諂與覆之不同：覆是隱藏自己的過失，不願人知，他並沒有對他人有特別的意圖；諂是當你知道某人能給你利益，就隱藏自己的過失，以便對方相信你，希望能從那兒得到好處。
（9）、驕：對自己的成就染著喜悅。漂亮的女人，大多數都是心高氣傲：甚至有些只有幾分姿色的女人打扮的漂漂亮亮後，就高傲起來；或是有些人會縫衣、理髮，事成後，就到處誇耀，對於自己的成就染著，內心歡喜，這就是驕。
驕與慢不同，驕是自己做事有了成就，產生高傲的心理；慢是以自己的能力與別人相比，自己認為比他人高一籌，而心高舉。（10）、慳：不欲施捨所得之物。慳就是慳吝，是因為貪而形成的一種吝嗇，但是慳與貪不同，「貪」是希求多；「慳」是擁有很多財物，而捨不得施與他人。有些人有貪，沒有慳；但慳的人一定貪，貪的人不一定慳；因為有些貪多的人，有人來乞求，他願意施捨；慳的人貪得無厭，那兒願意給人？所以慳的人對於自己的財物、知識、能力都不願與人分享。慳的人最容易收藏東西，見到有人來向他求乞時，苦的要死，因為他認為自己的財物減少了。
（二）、中隨煩惱：與一切不善心俱起。我們心中有不善的大、小隨煩惱生起時，因為心中無慚愧，令其他的煩惱繼續活動。
（1）、無慚：自己沒自尊，對自己之過失及缺點，不自我反省，不自以為恥。假設偷東西的人，經過自我反省後，很後悔，稱為慚。
（2）、無愧：對自己之過失及缺點，他人指責非議不以為恥。假設一個人要偷東西，怕他人知道，而放棄偷盜的念頭，則稱為愧。
大、中、小隨煩惱是以它的斷除難易來分類。在一個人的修行過程中，小隨煩惱更難斷除，中隨煩惱比較難，大隨煩惱更難斷除，根本煩惱最難。一個修行者如果還有忿、恨等煩惱的話，還有下面與修禪定有關的其他煩惱。
（三）、大隨煩惱：一共有八種，便一切污染心。
（1）、不信：對四聖諦、三寶的實、德、能（真實、功德、自能修成），不能信受。既是對於真理的實、三寶的功德、自己與他人能修行解脫，這三件事情沒有信心。
（2）、懈怠：對已做、未做之善業不努力做，既是懶惰。對於好事，不願意去做；對於壞事，也不願去斷除。懈怠的人不願做事，最愛休息；坐禪或念佛人往往因懈怠而去睡覺。
（3）、放逸：不警覺煩惱之生起，不約束自心，放縱它去造業。與懈怠相似。懈怠是懶惰不做；放逸是貪、嗔、癡驅使你不做。比如現在叫你靜坐，你貪愛要看明天的那場戲，就坐在那兒想，結果因為貪而放逸；又如你嗔恨某人，靜坐時就想起他，越想越氣，因嗔而放逸，索性不靜坐了。放逸的人愛做放逸心所想做的事。
（4）、昏沈：於所觀境，神志昏暗，不能了知。既是沒有足夠的心力保持所要修的境，這樣會妨礙我們修種種的觀行。例如：有人靜坐時修數息觀，從一數到十，沒一下子就神志昏暗，頻頻點頭，對與剛才所做的事，什麼都不知道，好像要睡覺了，稱為昏沈。
（5）、失念：於所觀境，不能明記清楚。對於現前之念，沒辦法掌握，不能記得它。如念頭專注在眉心不久，就跑去想其他地方，而不記得剛才心念是在眉心。
失念與昏沈之差別：失念與昏沈都是不能明記剛才所發生的境界。失念時神志清楚，但東想西想；昏沈是神志混淆，模模糊糊，什麼都不知道。
（6）、散亂：內心妄念紛飛，流散雜亂。此種散亂的煩惱是因為失念而引起的。佛說我們的心像猴子般跳來跳去，現在把它放在眉心，結果因為失念而妄念紛飛，心念流散雜亂起來。散亂不僅是對剛才的境，不能明記，而且心念一直在轉變，思潮起伏，一下子想這，一下子想那；失念則未必如此，例如：靜坐時原本你是在念佛，忽然間想起還有一件事沒做完，要怎樣安排與處理等，心念就想到那件事去了，這是失念但不散亂。
（7）、掉舉：於所觀境，心不安定，常回憶過去境。比如，今天做了一件樂事，在靜坐時一直回味，時不時想到它。當一個人修到初禪後要入二禪時，他一直會回憶初禪的境，稱為掉舉。
（8）、不正知：對於所觀之境，不能正確明瞭；對自心不知安在何處。例如靜坐時觀察呼吸，對於出入息的進出、粗細不能明瞭。
三、總結：
（一）、煩惱之生起：內心先有煩惱業習種子為因，現前種種境界為緣，因緣會合煩惱生起，無有煩惱者，隨緣生故無自性。
（二）、煩惱之滅除：不正見及疑在見道後即刻不生，其餘煩惱必須通過修道一分一分地除去。覺悟後常能以智慧觀照，生起正念、正知，則煩惱業習便無緣生起；若念念正念分明，則煩惱永不生，既是斷煩惱。
（三）、煩惱是苦，苦不一定有煩惱。證悟有餘涅槃的羅漢還在苦中，在進入無餘涅槃之前還有行苦。業種子以煩惱為助緣而加速受報，並造新殃。業種子無煩惱為助緣便不得增長，然非斷滅。煩惱雖無自性，空無人我，但因果業報不虛。