所謂科學，不外是用分析、歸納的推理方式來觀察、解釋自然的現象，從理論而言，是屬於邏輯的範圍；從實用而言，是有系統的組織。能夠言之成理，屬於邏輯的科學；能有實際的功用，則是經驗的科學。
不過，邏輯的理論科學不一定能夠發展成為實用科學，雖然它是實用科學的基礎，卻必須通過實驗而證明其為可用、可行，才能真正有益於人。因此，科學的昌明，日新月異，經常以新的理念，否定舊的觀點；以新的實驗，攻擊舊的成果，可見它並非最高、最後的真理。
而且，科學中所能夠討論的已知和將知的範圍，非常有限，使得即使是最有成就的物理學家，也不得不訴求於不可知的上帝或神的啟示，為最高的科學原理，這正是學者們所見的──科學之母是哲學，哲學之母是宗教，宗教才是宇宙的根源、人生的大本。用哲學討論宗教，已有所不及，何況用科學來探究宗教的奧密。正如梁啟超先生所說，佛教非宗教、非哲學、非科學。我們也可以說，佛教涵蓋宗教、哲學和科學，但它不即是宗教、哲學與科學；它不反對宗教、哲學與科學，卻非宗教、哲學與科學範圍所能窮其實際。
今天有人主張在科學文明的時代，應該以科學的角度來介紹佛法，這當然是好事，以科學的知識說明佛法的理論，使得已經信賴科學的人來接受佛法，這無可厚非。不過科學屬於自然知識的範圍，它只能說明自然現象的千萬億分之一。例如不要說太陽系以外的宇宙群體，尚屬不可知的境界，即太陽系內的九大行星，人類對其所知，還是有限。
另外從醫學觀點來探討人類身心現象，迄目前為止，西醫所及的範圍在中醫看來，僅僅是解剖物質的死體，而中醫也不過探索到人體的氣脈──所謂活的肉體現象而已。至於精神病的治療，還停留在一籌莫展的階段；對於精神病的患者，除了使用麻醉、鎮靜的藥劑以及禁閉、拘留等方式來控制、約束肉體的行動之外，別無辦法。所謂心理治療，只能使用經驗的分析和推理，來給予疏導，但無法深入精神的層面──所謂精神是在物質之內、物質之上的無形而有力的活動。如果使用神鬼咒符等數術來治療精神病，有其療效，但其已非科學的範圍所及，而被指為迷信的現象。
佛法的化世救人，自始便以心為主，心即是精神，可用煩惱、智慧兩個名詞來說明。煩惱增加則精神混亂，智慧增加則精神清明；若在精神混亂的狀態，任你用任何宗教、哲學、科學的手段來處理，都無法解決其問題於永久，但若能得智慧顯現，則一切問題，不論是屬於物質範圍或精神範圍，都將迎刃而解。所以，佛在世時，對於物質世界的自然現象，不多做解釋。例如：世界有邊無邊、世界有始無始等這些問題，在佛看來都與解脫煩惱無關；重要的是如何運用修行的方法來消解煩惱、啟發智慧。此所謂智慧，不是認識的分別心，而是無執著的自在心；既然心得自在，尚有什麼精神或物質的拘限呢？
在印度時代的佛教，是以精神的心涵蓋物質的自然，講心就已統攝了物質的自然現象。所謂「萬法唯識，三界唯心」，煩惱的心稱為識，清淨的心稱為智，凡是對於任何現象的拘執，都屬於煩惱的層次。佛法不重視諸法現象的探究，而是著重於如何轉識成智，否則容易本末倒置，執著幻化的現象以為實體。心體無形、無相，亦不離形相；科學僅及於現象，現象多變而恒變，所以科學永遠不會成為最後的證明，頂多是在頭痛醫頭、腳痛醫腳的情況下向前努力。
正如老子所說：「生也有涯，知也無涯；以有涯逐無涯，殆矣！」道家是自然主義者，是屬於物質的真正的瞭解者，而佛法認為瞭解自然也是多餘的事，若得心明，自然就在其中；僅僅瞭解自然而融於自然，也不等於自我中心的執著獲得解脫。科學僅及於物質世界的分析和探究，當然無法說明或表達佛法的真諦，但做為方便的教化，科學的態度當然需要。所以，我們開始就說，佛法涵蓋了科學，而不受科學所限制。